За годы независимости проведена серьезная реформа и в судебной системе. Судебная власть признана как самостоятельная и отдельная ветвь государственной власти. Деятельность судебных органов упорядочена на основе современных требований и норм международных актов, самостоятельность судов закреплена конституционными нормами. Для осуществления судебной справедливости в Вооруженных Силах в 1993 году постановлением Президиума Верховного Совета образованы Военная коллегия Верховного суда Республики Таджикистан, и в июне 1994 года – военные суды гарнизонов. Военная коллегия Верховного суда является непосредственной верховной судебной инстанцией для военных судов гарнизонов.
14 апреля 1997 года подписан Указ Президента Республики Таджикистан за № 692 «О некоторых мерах по обеспечению самостоятельности судебной власти Республики Таджикистан», где определены вопросы улучшения социального положения судей и сотрудников аппаратов суда.
По непосредственной инициативе Президента Таджикистана Эмомали Рахмона во имя укрепления судебной власти и обеспечения самостоятельности судов в осуществлении судебной справедливости образован Совет юстиции Республики Таджикистан. Внедрение этих конституционных норм и реальное обеспечение гарантий самостоятельности судов путем вывода из подчинения органа исполнительной власти, т.е. Министерства юстиции решение вопросов подготовки предложений, связанных с проведением судебной реформы, усовершенствования судебно-правовой системы, подбор и представление достойных кандидатур на должности судей, освобождение их от должности, одновременно с этим, повышение роли и статуса судебной власти и т.д. требовало образования отдельной структуры. Создание Совета юстиции было требованием времени и практической реализацией государственной политики о судебной власти.
С учетом того, что судебные органы были признаны самостоятельной структурой государственной власти, начался первый этап судебно-правовой реформы – в Конституции Республики Таджикистан конкретно закреплены задачи судебной власти в области защиты прав и свобод человека и гражданина, и интересов государства, организаций и учреждений, законности и справедливости.
В связи с вышеуказанным, необходимо отметить, что Президент и Правительство Республики Таджикистан, учитывая значение, роль и статус судебной власти по укреплению законности и правопорядка, защиты прав и свобод граждан, уделяют ей особое внимание. В том числе, за годы государственной независимости принят ряд нормативных документов, основанных на конституционной реформе и направленных на укрепление деятельности судебных органов.
В процессе судебно-правовой реформы в судебной системе страны, были образованы Конституционный, экономические и военные суды, приняты отраслевые законы, гражданский, уголовный, семейный, трудовой кодексы, увеличен срок полномочий судей с пяти до десяти лет, было увеличено количество должностей судей и сотрудников судебных аппаратов.
Президент Республики Таджикистан в очередном Послании Маджлиси Оли 24 апреля 2010 года, еще раз коснувшись проблем судебных органов, подчеркнул, что Программа судебно-правовой реформы сыграла заметную роль в развитии, усовершенствовании и упрочении судебной власти.
В связи с чем, дал поручение по дальнейшему продолжению судебно-правовой реформы и подготовки новой, усовершенствованной Программы.
В данном ракурсе Указом Президента страны от 3 января 2011 года утверждена Программа судебно-правовой реформы на 2011-2013 годы, в которой предусмотрены решение вопросов подготовки Процессуального кодекса административных правонарушений, анализа законодательства страны для внесения дополнений и изменений по улучшению деятельности системы судебной справедливости, и в этом направлении предусмотреть в государственном бюджете ежегодное увеличение финансирования судебных органов, все эти меры имеют важное значение для обеспечения независимости судей и реализации конституционных гарантий судебной защиты.
С получением Таджикистаном независимости и принятием новой Конституции, судебная власть как важный и необходимый институт структуры государственной власти вступила в новый этап, она окрепла в организационном отношении, по количеству и качеству структур, реализующих судебную справедливость. В том числе, впервые в судебной системе страны образованы независимые судебные институты - Конституционный, экономические и военные суды.
Судебная власть в Таджикистане является независимой, судебная справедливость осуществляется Конституционным судом, Верховным судом, Высшим экономическим судом, Военным судом, Судом ГБАО, судами областей, города Душанбе, городов и районов, Экономическим судом ГБАО, экономическими судами областей и города Душанбе.
Одной из важных ценностей Конституции нашего независимого государства является верховенство и конкретные действия ее норм. Следовательно, Конституционный суд, как независимый орган судебной власти, образован с целью защиты, обеспечения верховенства и непосредственного действия Конституции, защиты прав и свобод человека и гражданина.
Конституционный суд Республики Таджикистан, как новое явление правового демократического государства и специальный орган конституционного надзора, за короткий период не раз подтвердил свою необходимость и важность в построении новой государственности Таджикистана, показал, что роль и статус этого института справедливости воспринят как необходимое явление современного общества в мировой практике.
В связи со статусом Конституционного суда Президент Республики Таджикистан отметил в своем выступлении, посвященном 15-ой годовщине принятия Конституции, «в судебной системе страны Конституционный суд занимает особое место и первоочередной его задачей является обеспечение верховенства Конституции в структуре нормативно-правовых актов.
Другим высшим органом судебной власти в стране является Верховный суд Республики Таджикистан, деятельность которого построена на основе Конституции и Конституционного закона Республики Таджикистан «О судах Республики Таджикистан», осуществляет судебный надзор за деятельностью военных судов гарнизонов, суда ГБАО, судами областей, города Душанбе, городов и районов в части гражданских, уголовных, административных и других дел, находящихся на их рассмотрении.
В настоящее время в Верховом суде действуют судебные коллегии по гражданским, уголовным, семейным, административным и военным делам. Судебные коллегии, в пределах своих полномочий и компетенций, в соответствии с законодательными нормами рассматривают дела в кассационном, надзорном порядке, а также в качестве суда первой инстанции, по вновь выявленным обстоятельствам, назначение кассационных и надзорных сроков, на основе которых изменены судебные решения первой инстанции или приняты новые судебные решения, а также обобщают судебную практику и статистику наряду с другими, определенными законодательством, вопросами.
Высший экономический суд также является высшим судебным органом по отношению решения экономических споров и других дел, рассматриваемых экономическими судами, осуществляет надзор за их деятельностью в предусмотренных законом процессуальных формах и дает руководящие разъяснения по вопросам судебной практики.
Регулирование отношений, связанных с государственной службой, являются важнейшими в современном обществе. С целью повышения в обществе роли и статуса государственных служащих, их дисциплины, уровня знаний, опыта, профессионального мастерства и трудовых навыков, подбора способных, верных интересам государства и общества кадров и во имя упорядочения структур ведомств страны, Указом Президента Республики Таджикистан от 25 января 2001 года образовано Управление Государственной службы при Президенте Республики Таджикистан.
Другой Указ Президента Республики Таджикистан «Об образовании Института повышения квалификации государственных служащих Республики Таджикистан» от 9 октября 2002 года создал необходимую базу и возможности для переподготовки и повышения квалификации государственных служащих Республики Таджикистан.